Periferik migren olarak tanımlayabileceğimiz ve yüz bölgesinin ağrı duyusunu oluşturan trigeminal sinirin şakakta, alında, burun içindeki dallarının uyarılmasıyla oluşan baş ağrılarında migren için botox uygulaması yapılabilmektedir. Aynı şekilde ense bölgesinden kaynaklanan migren baş ağrısında da botox uygulanabilmektedir. Bu ağrıyı tetikleyen mekanizma genelde kas kasılması ile ortaya çıkar. Çünkü sinirler alın,şakak ve ense bölgesindeki kasların arasından geçerken bir baskıya maruz kalırlar. Botoks çok uzun süredir tıpta kullanılan ve etkileri çok iyi bilinen bir ilaçtır. Botox kasları gevşetip hareketlerini engelleyerek etki eder. Özellikle mimik kasları üzerindeki etkisi nedeniyle estetik amaçlı olarak sık kullanılır. Dolayısı ile alın bölgesindeki şakak bölgesinde ve ense bölgesindeki kasları gevşetmek için kullandığımız botox, kasları gevşeterek sinirin çıktığı bölgedeki baskıyı kaldırıp Periferik migrenin tipik özelliği olan zonklayıcı, mide bulantılı baş ağrısını ortadan kaldırır.